Estudio genómico de la variante 1 de P. falciparum linaje B (Bv1) en áreas endémicas de malaria

Abstract

Plasmodium falciparum plantea un desafío importante para la eliminación de la malaria debido al riesgo de la resistencia a antimaláricos y su perfil clínico severo. En este estudio, nuestro objetivo fue explorar el perfil genómico de las muestras de P. falciparum recolectadas en Loreto y Tumbes entre el 2006 y el 2017. El ADN de P. falciparum extraído de sangre total fue enriquecido y secuenciado en la plataforma MiSeq Illumina. Los SNPs fueron llamados y usados para explorar marcadores de resistencia, estimar la diversidad poblacional y evaluar la estructura poblacional. Veinticuatro aislados de Loreto (n=18) y Tumbes (n=6) fueron secuenciados, resultando en un promedio de 2,492,353 reads por muestra. La estructura poblacional mostró la presencia de tres subpoblaciones que coincidían con linajes previamente tipificados en Perú: Bv1 (n=17), clona D (n=4) y tipo AcreLoreto (n=3). La genotipificación de los marcadores de resistencia a antimaláricos mostró una alta prevalencia de mutaciones asociados con resistencia a cloroquina; 62.5% en Pfmdr1 y 87.5% en Pfcrt. Además, se hallaron mutaciones en los genes Pfdhfr y Pfdhps asociadas con resistencia a sulfadoxina-pirimetamina en el 88.8% de las muestras Bv1. Nuestros resultados muestran evidencia de un potencial reemplazo clonal mediado por el linaje Bv1 en Loreto desde el 2011. Este reemplazo podría ser el resultado de la ventaja selectiva de Bv1 a la presión de selección indirecta impulsada por el uso de CQ para el tratamiento de P. vivax.